1막
삶의 피로와 지적 추구의 허무함을 느낀 늙은 파우스트는 자살을 결심한다. 그는 새벽의 빛과 산을 찬양하는 목소리에 과거를 되돌아보는 것을 멈춘다. 파우스트는 비통한 어조로 신을 부정하며 사탄을 부른다. 메피스토펠레가 바로 그때 등장한다. 그는 파우스트의 쾌락적 욕망을 만족시켜주는 대가로 철학자인 그의 영혼을 요구한다. 악마와의 거래에 사인을 하기에 앞서 그는 마지막으로 주저하지만, 파우스트는 메피스토펠레가 마법으로 불러낸 아름답고도 순결한 마르게리트의 모습에 결국 굴복하고 만다. 파우스트는 반드시 그녀를 가져야만 한다.

2막
도시는 축제 분위기다. 중앙 광장에서 발랭탱은 전투를 위해 떠나야한다는 생각에 사로잡혀 있다. 그는 자신이 떠나있는 동안 누이인 마르게리트를 보살펴줄 것을 친구들, 특히 그 가운데 마르게리트를 사랑하고 있는 시벨에게 당부한다. 메피스토펠레가 등장하여 불경한 노래를 부르며 마르게리트를 빗대어 언급한다. 발랭탱에게 있어서 모욕적인 상황이었던 만큼 그는 자신의 누이를 보호하기 위해 메피스토펠레를 공격한다. 그러나 그의 칼은 허공에서 부러지고 다른 사람들은 황급히 물러선다. 파우스트가 메피스토펠레와 합류했을 때 마르게리트가 등장하지만, 그녀는 파우스트의 관심을 거절해버린다.

3막
마르게리트를 사랑하는 시벨은 그녀의 집 앞에 꽃다발을 남겨둔다. 뒤이어 파우스트가 등장하여 마르게리트가 사는 집의 덕을 칭송한다. 메피스토펠레는 보석이 담긴 상자를 주면서 그녀에게 바치라고 파우스트에게 권유한다. 광장에서 만난 남성을 생각하는 마르게리트가 툴레의 왕을 노래 부르며 등장한 뒤, 집 앞에 놓인 보석 상자를 발견하고는 이성을 잃고 그 안의 내용물을 탐닉한다. 마르게리트의 이웃인 마르테 슈베르라인은 그 보석들이 분명 그녀를 찬미하는 사람이 보낸 것이라고 생각한다. 두 여인은 메피스토펠레와 파우스트와 만나게 되고, 메피스토펠레는 슈베르라인의 마음을 홀려버린 탓에 파우스트는 마르게리트를 유혹할 수 있게 된다.

4막
5개월이 지났다. 마르게리트는 파우스트에게 버림받았지만 뱃속에는 그의 아이가 있다. 교회에서 그녀는 기도를 드리지만 계속 악마들에게 방해를 받는다. 그녀는 자신의 마지막 희망인 구원을 부정하는 메피스토펠레의 마지막 저주를 받고 기절한다. 전장에서 돌아온 병사들 사이에 발랭탱이 보인다. 그는 자신의 누이가 어떠한지 시벨에게 묻지만 대답을 회피한다. 이상한 낌새를 알아차린 발랭탱은 마르게리트를 찾고자 그녀의 집으로 뛰어들어간다. 메피스토펠레와 파우스트가 도착하고, 악마는 마르게리트를 위한 풍자적인 세레나데를 부른다. 집에서 걸어나온 발랭탱은 자신의 누이의 수치를 누가 책임질 것인가를 종용한다. 결투 끝에 파우스트는 발랭탱에게 치명적인 일격을 가한다. 죽어가는 밸랭탱은 마르게리트를 위한 일체의 기독교적인 동정심을 부정하며 영원히 그녀를 저주한다.

5막
발푸르기스의 밤으로서 악마들의 무도가 펼쳐진다. 파우스트는 환영에 시달리고, 마지막으로 자신의 아기를 죽인 죄로 감옥에서 사형집행을 기다리는 마르게리트를 본다. 그녀에게 가고 싶어하는 파우스트의 요구에, 어쩔 수 없이 메피스토펠레는 따른다. 독방에서 파우스트와 마르게리트는 함께 사랑의 순간들을 회상하고, 이내 파우스트는 그녀에게 도망가자고 재촉한다. 그러나 그녀는 거절하고 신의 가호를 외친다. 그녀의 기도에 하늘은 응답하고, 그녀의 영혼은 승천하여 구원을 받는다.