[DISC 1]
1. AUTHORIZED PERSONNEL ONLY_PART1
시드니는 체이스 국장과 합의하에 CIA를 그만두고 CIA의 비밀 기구인 APO에 들어간다. 그러나, 막상 출근 첫 날 APO 사무실에는 SD6 시절 슬론을 수장으로 시드니의 아버지 잭, 동료 딕슨과 본이 모두 모여있다. 이들을 본 시드니는 슬론의 출현에 분노를 감추지 못하는데….
2. AUTHORIZED PERSONNEL ONLY_PART2
시드니는 아르헨티나에서 그녀의 동생 나디아를 만나고, 테러리스트 로만 바딕을 체포하기 위해서 그녀에게 도움을 요청한다. 그러나, 나디아는 그녀의 도움을 거절하며, 다만 로만 바딕이 자신의 절친한 동료를 죽인 장본인이라며 자신이 알고 있는 정보는 모두 알려주겠다고 말한다. 나디아는 먼저 로만 바딕을 잡으려면 보좌관인 카주 토마자키를 찾으라고 말하는데….
3. THE AWFUL TRUTH
시드니는 나디아에게 LA에서 자신과 같이 살자고 제안하고, 나디아는 APO에 정식으로 입사하기 위해서 잭의 심리 테스트를 받게 된다. 잭은 시드니에게 자신의 부인이자, 시드니와 나디아의 어머니인 이리나 드레브코를 죽인 사람이 바로 자신이라는 것을 나디아에게는 말하지 말아 달라고 부탁하는데….
4. ICE
시드니와 본은 사람을 얼음처럼 순간 냉동 건조시키는 핀탄 키네가 개발한 ‘아이스 5’ 라는 화학 물질을 가져 오라는 임무를 맡고 몬테네그로로 떠난다. 시드니는 옴니팜의 영국 지사에 소속된 구호 대원으로 위장해서 몬테네그로의 병원에 잠입하고, 본은 신부로 위장해서 병원에 잠입하는데….
[DISC 2]
5. WELCOME TO LIBERTY VILLAGE
시드니와 본은 코스트로마에서 10월단에 의해 사라진 전자석 무기의 행방을 알아내기 위해 테러리스트 타마코브 부부로 위장해서 모스크바로 날아간다. 시드니와 본의 임무는 10월단에 침투해서 10월단의 목적을 알아내고, 전자석 무기를 다시 찾아 오는 것. 그러나, 그들이 10월단에 잠입한 후 안내된 곳은 ‘리버티 빌리지’라고 불리우는 러시아라고 도저히 믿지 못할 정도로 미국과 흡사한 전형적인 교외 마을인데….
6. NOCTURNE
신종 마약 발견 임무를 맡고 유럽에 주둔해 있던 CIA 낸시 케이힐 요원이 자살하는 사건이 벌어진다. 시드니와 그녀의 아버지 잭은 케이힐 요원의 아파트를 수색하기 위해서 암스테르담으로 향한다. 이들의 임무는 아파트를 수색 해 CIA와 관련된 모든 파일과 컴퓨터를 찾아내고, 행방불명된 케이힐 요원의 남편 제이슨을 찾는 것이다. 그러나, 시드니는 아파트를 수색하던 중 신종 마약에 중독된 제이슨에게 목을 물리는 상처를 입게 되는데….
7. DETENTE
러시아에서 몰래 개발 중이었던 블랙 토린 이라는 화학 물질이 도난 당한다. 블랙 토린은 메가톤급 폭약으로 소량만 사용해도 대량 살상 무기로 바뀌는 가공할만한 제품이다. 시드니와 나디아는 블랙 토린을 가지고 있을 것으로 추측되는 러시아의 석유왕 보리스 탬보를 찾아서 그가 묵고 있는 몬테카를로의 쌍떼 드보 호텔에 잠입한다. 이들의 임무는 블랙 토린이 어디에 있으며, 어디로 옮길 것인지 알아내는 것인데….
8. ECHOES
APO에 슬론이 관여할 수 없는 사건이 맡겨진다. 이유는 슬론은 CIA 체이스 국장과의 계약에 의해서 램발디 관련의 사건에는 관여할 수 없었던 것. 이에 램발디 유물 관련 사건이 터지자 슬론 대신 잭이 APO의 국장 직을 맡게 된다. 잭은 요원들에게 과거에 시드니와도 몇 번 마주친 적인 있는 K 기관 소속의 첩보원이었던 애나를 감시하기 위해서 브뤼셀로 떠나라고 지시한다. 그러나, 출발 전에 시내에서 나디아와 차를 마시던 시드니는 식당으로 걸려온 전화를 받기 위해 자리를 뜨고, 그 틈을 이용해 애나는 나디아를 납치하는데….
[DISC 3]
9. A MAN OF HIS WORD
본은 CRF에 접촉하기 위해서 사크의 협조를 구한다. 사크는 협조의 조건으로 자신이 사랑했던 본의 아내였던 로렌의 시신을 직접 확인하고 싶다고 요청한다. 한편, 나디아는 시드니와 임무 수행 중 애나의 총격으로 부상을 입고 혼수상태에 빠지고, 애나는 나디아를 사살하려고 병원에 잠입하는데….
10. THE INDEX
딕슨은 CIA 체이스 국장을 찾아가 슬론의 전화를 도청해서 알아낸 사실들을 밀고한다. 내용은 블랙웰 인덱스를 차지하기 위해서 슬론이 알리앙스의 간부 데버로에게 연락했다는 것이다. 그러나, 체이스 국장은 증거가 불충분하다고 잘라 말한다. 이에, 딕슨은 시드니에게 슬론의 집에 도청 장치를 설치해 달라고 부탁하는데….
11. THE ROAD HOME
시드니와 본이 파리에서 가져온 메모리 칩을 분석한 결과 생체 인식 추적 장치가 오스트리아의 비밀 시설에서 개발되고 있음이 밝혀진다. 이 생체 인식 추적 장치는 차세대 저격수 무기에 장착하면 입력한 DNA나 생체 인식표를 가진 표적을 끝까지 추적하는 가공할 만한 무기임이 밝혀진다. 슬론은 시드니에게 잘츠부르크에서 이 추적 장치를 회수해 오라고 지시하는데….
12. THE ORPHAN
본은 시드니에게 우연하게 찾게 된 아버지의 일기를 보여 준다. 그는 아버지의 일기가 아버지의 사망일 이후에도 쓰여졌다며 의문을 제기하고, 아버지의 일기에 나오는 머독이라는 사람을 만났던 이야기를 해준다. 본은 아버지의 죽음을 밝히기 위해서 시드니에게 자신 대신 일기에 나오는 CIA의 비밀 작전 서류에 접근해 달라고 요청한다. 한편, 시드니와 나디아는 민스크에서 증폭 글래스를 찾아 오라는 임무 수행 중 나디아의 옛 친구 세자르 마르티네즈에 의해 실험실에 갇히게 되는데….
[DISC 4]
13. TUESDAY
하바나에서 임무 수행 중이었던 시드니는 작전이 도중에 정체가 발각 되면서, 하바나의 공동 묘지에 생매장 당하게 된다. 때마침 APO 사무실은 신경 가스 누출 사고로 출입이 완전 봉쇄되고, 아들 미첼이 아파서 지각을 하게 된 마샬 만이 시드니을 구할 수 있는 상황이 벌어지는데….
14. NIGHTINGALE
시드니는 본과 함께 본의 아버지가 나이팅게일을 찾아 떠났다는 소피아 원장의 말을 단서로 암호의 비밀을 풀기 위해서 뮌헨으로 떠난다. 한편, 암호가 담긴 하드 드라이브를 가지고 LA로 돌아온 본은 자신만이 아버지의 비밀을 알려줄 수 있다는 전화를 받고, UCLA 도서관으로 향하는데….
15. PANDORA
본은 아버지의 행방을 알고 있다는 조직을 도와 램발디의 설계도를 탈취하려는 음모에 가담하게 된다. 한편, 마샬은 잭의 지문을 채취해 그가 야쿠치아 핵 발전소 작전 때 방사능 과다 노출로 인해서 유전자 변형을 앓게 되었다는 사실을 알게 된다. 한편, 나디아는 어머니 이리나에 대해 알고 싶은 나머지 감옥에 갇혀있는 카티아 이모를 면회가고, 그녀의 부탁으로 초콜릿을 건네준다. 그러나, 초콜릿을 먹은 카티아는 심한 초콜릿 알레르기가 있다며 바로 기절하고, 그 전에 시드니에게 꼭 만나야 한다고 전해 달라고 나디아에게 부탁 하는데….
16. ANOTHER MISTER SLOANE
시드니와 본은 잭을 만나서 그동안 본에게 아버지가 살아있다는 거짓 정보를 흘린 것이 바로 아빈 슬론이라고 털어 놓으며 분노한다. 그들은 청부 살인업자에게 지불한 은행 기록을 증거로 슬론이 범인이라며 CIA 본부에 보고하자고 한다. 또한, 슬론의 하수인 로버트를 증인으로 슬론과 정면으로 대면 시키자고 제안한다. 그러나, 막상 슬론을 만난 로버트는 슬론이 비슷하긴 한데 자신의 보스인 슬론이 아니라고 말하는데….
[DISC 5]
17. A CLEAN CONSCIENCE
신생 테러 조작인 베오그라드 소수파가 코펜하겐 주재의 인도네시아 대사관을 폭파하자 이 조직의 실체를 파악하라는 명령이 떨어진다. APO 요원들은 베오그라드 소수파의 테러 목적과 이 조직에 잠입한 이중 첩보원 CIA의 토마스 레임스 요원의 생사를 확인하기 위해서 암스테르담으로 떠난다. 한편, 나디아는 어린 시절 고아원 원장이었던 소피아 원장에게 LA에 오는 길에 만날 수 있냐는 반가운 전화를 받게 되는데….
18. MIRAGE
잭이 APO에 나오지 않고 행방불명 되자 시드니는 걱정이 앞선다. 시드니는 본과 함께 잭의 아파트를 찾아가서 잭이 방사능 노출 관련 치료를 혼자서 하고 있었다는 사실을 알게 되고, 그가 알킬화제를 구한다는 사실을 알게 된다. 한편, 빈에서 하이드로섹을 시드니에게 빼았긴 소피아는 나디아를 이용해 하이드로섹을 다시 되찾으려고 하는데….
19. IN DREAMS
또다른 슬론은 움브리아의 석양 기사단 소속의 인페르노 수도원을 찾아가서 램발디의 파피오페딜룸칸이라는 난의 가지를 요청한다. 그러나, 수도원 원장이 이를 거부하자. 수도원의 모든 사람들을 살해하고 난을 가져간다. 슬론은 자신의 흉내내는 또다른 슬론과 난을 찾아 오라고 APO 요원들에게 지시하는데….
20. THE DESCENT
소피아는 나디아의 신분을 이용해서 CIA에 보관 중이었던 램발디의 유물들을 탈취하고, 이 사실을 모르는 시드니와 나디아에게 작별 인사를 하고 리스본으로 떠난다. 본은 시드니에게 청혼하기 위해서 그녀의 아버지 잭에게 먼저 청혼을 허락해 달라고 요청한다. 한편, 소피아가 램발디 유물의 탈취범이라는 사실을 알게 된 슬론은 나디아에게 자신이 램발디에 집착하는 바람에 그녀까지 위험에 끌어 들였다며 자책하는데….
[DISC 6]
21. SEARCH AND RESCUE
시드니는 작전 중 딕슨이 그녀의 어머니 이리나 드레브코를 보았다는 증언에 의해서 이리나가 인간복제 프로그램인 헬릭스로 인해서 살아 있다는 사실을 알게 된다. 또한, 이리나가 언니 엘리나에 의해서 감금되어 왔었다는 사실을 알고, 이리나를 구출하러 과테말라 티칼로 떠나는데….
22. BEFORE THE FLOOD
시드니와 나디아를 비롯한 APO 요원들은 러시아의 소보그다에 설치된 램발디의 거대한뮬러를 해체하기 위해서 파견된다. 엘리나는 식수에 이물질을 삽입하고 거대한 뮬러로 전파를 보내서 이 도시 사람들을 전부 감염시켜 좀비로 만들어 버린다. 시드니는 어머니 이리나와 대원들의 도움으로 뮬러가 설치된 옥상까지는 무사히 도착하지만, 거기에는 엘리나에 의해 감염된 나디아가 뮬러를 지키고 있는데….